การจัดแบ่งงานภายในของศูนย์ความปลอดภัย สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสุพรรณบุรี เขต 3 แบ่งออกเป็น ๔ งานย่อย ดังนี้

1. งานอำนวยการ
2. งานพัฒนาฐานข้อมูลด้านความปลอดภัย
3. งานส่งเสริมและพิทักษ์สิทธิ
4. งานติดตามและประเมินผล